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基因測序技術(shù)隨“新”而“動(dòng)”

2014-05-29 22:15 閱讀:1204 來(lái)源:科技日報 責任編輯:潘樂(lè )樂(lè )
[導讀] 十年前,轉化醫學(xué)還是一個(gè)方興未艾的全新概念,到今天,隨著(zhù)技術(shù)的日新月異,它已經(jīng)成為令人矚目的研究焦點(diǎn),其不斷實(shí)現的成果,為臨床領(lǐng)域的實(shí)踐提供了有效、便捷、廉價(jià)的服務(wù)手段和模式。

    十年前,轉化醫學(xué)還是一個(gè)方興未艾的全新概念,到今天,隨著(zhù)技術(shù)的日新月異,它已經(jīng)成為令人矚目的研究焦點(diǎn),其不斷實(shí)現的成果,為臨床領(lǐng)域的實(shí)踐提供了有效、便捷、廉價(jià)的服務(wù)手段和模式。5月16日,在杭州舉辦的“2014轉化醫學(xué)高峰論壇”上,賽默飛世爾科技公司旗下Life Technologies中國區儀器平臺消瘦總監張焱女士指出,基因組工具的發(fā)展突飛猛進(jìn),轉化醫學(xué)正從一個(gè)平臺深入到醫療領(lǐng)域的方方面面,創(chuàng )新技術(shù)和方法令人應接不暇,臨床應用迎來(lái)了前所未有的機遇期。為了能更好地順應這一趨勢,無(wú)論是儀器設備的制造商和消瘦商還是研究人員,都需要和終端使用者密切聯(lián)系,共同開(kāi)發(fā)出適應市場(chǎng)需求的產(chǎn)品。

    基因轉化醫療服務(wù)成果顯著(zhù)

    1992年,美國《科學(xué)》雜志首次提出了基因檢測從實(shí)驗室到病床的概念,2003年,美國**衛生研究院(NIH)院長(cháng)Zerhouni在《自然》雜志上為轉化醫學(xué)發(fā)展畫(huà)出路線(xiàn)圖,希望填補基礎研究與臨床應用之間的鴻溝。其“從實(shí)驗臺到病床”的轉化醫學(xué)理念,旨在將實(shí)驗室的科研成果轉化為有價(jià)值的臨床應用。

    基因檢測就是典型的轉化醫學(xué)應用。本世紀初,人類(lèi)基因組草圖繪制的完成標志著(zhù)第一代基因測序技術(shù)的成熟,對一個(gè)或幾個(gè)基因的測序開(kāi)始應用在臨床上,對基因突變測量的分辨率得以提升,在傳染病的鑒定以及癌癥等致命性疾病的靶向治療中應用廣泛。2013年5月,著(zhù)名女星安吉麗娜·茱莉在《**》上發(fā)表了《我的醫療選擇》一文,宣布通過(guò)基因檢測,發(fā)現自己攜帶了“錯誤的基因”BRCA1,確定她罹患乳腺癌的幾率為87%,她選擇采取預防性雙側乳腺切除手術(shù),希望將這一風(fēng)險降至5%,這一舉動(dòng)將基因測序轉化醫學(xué)的成果帶入全球公眾的視線(xiàn),成為“從實(shí)驗臺到病床”的一次經(jīng)典嘗試,也為基因檢測技術(shù)市場(chǎng)帶來(lái)新的契機。

    通過(guò)對基因篩查和檢測,可盡早發(fā)現遺傳病因,進(jìn)行腫瘤風(fēng)險預測與個(gè)體化治療,依據藥物基因組學(xué)采用個(gè)體化用藥,對傳染病病原微生物和病毒的鑒定等,幫助醫生診斷疾病的型別,同時(shí)指導醫生對患者個(gè)體提出合理的解決方案,使得診療更安全、更快速和更有效。

    一代測序和新一代測序技術(shù)各有千秋

    目前,基因檢測的市場(chǎng)依賴(lài)于技術(shù)發(fā)展獲得推廣。一代測序在臨床上經(jīng)過(guò)了十多年的發(fā)展,逐漸建立了完整的體系,并不斷地將成本降低,漸漸的成為老百姓討論的話(huà)題,也反過(guò)來(lái)促進(jìn)了測序市場(chǎng)的發(fā)展。第一代檢測技術(shù)是對一個(gè)***基因片段做檢測,1986年發(fā)展至今已27年,技術(shù)上成熟、簡(jiǎn)單、可靠;而新一代高通量測序可以對多個(gè)基因片斷進(jìn)行檢測并對單分子基因做大規模平行測序。

    實(shí)踐表明,以前完成一個(gè)人類(lèi)基因組的測序需要3年時(shí)間,使用了新一代測序技術(shù)僅僅需要1周,在序列讀長(cháng)方面比起第一代測序技術(shù)則要短很多。瑞士Viollier AG 實(shí)驗室負責人Kurth博士舉例說(shuō),對非小細胞肺癌中的ALK(間變性淋巴激酶)基因進(jìn)行測序,以前用PCR(多重鏈式反應聚合技術(shù))抓取,時(shí)間大約1—3周,而使用了出自L(fǎng)ife Technologies公司的Ion Ampliseq,即基于高通量新一代基因測序設備,調動(dòng)目的基因或靶向基因的方法,使得基因檢測的時(shí)間只需1—2小時(shí)。

    從應用角度上講,一代和新一代測序設備在功能上是并存關(guān)系,而非完全的替代關(guān)系。

    廣東省人民醫院廣東省肺癌研究所副所長(cháng)、中心實(shí)驗室主任張緒超研究員認為,作為分子檢測金標準,一代測序已經(jīng)成為個(gè)性化治療廣闊市場(chǎng)的主角,而新一代測序則是未來(lái)基因檢測市場(chǎng)的應用方向;其升級版本主要在實(shí)驗室和臨床試用階段,還沒(méi)有獲得廣泛的臨床應用。

    測序技術(shù)與臨床結合應用廣泛

    參加此次杭州轉化醫學(xué)論壇的澳大利亞西澳大學(xué)的Richard Allcock教授一直做致病基因的篩查研究,從事過(guò)產(chǎn)前篩查、脊椎病等基因檢測。在對神經(jīng)肌肉疾病的基因測序中,他在Ion Torrent 測序平臺上,從336個(gè)相關(guān)基因中找尋69個(gè)相關(guān)基因,并從中發(fā)現了一種致病基因。Richard Allcock教授表示,首先,利用新一代技術(shù)要比一代技術(shù)節省時(shí)間,無(wú)須單個(gè)基因一隔一個(gè)比對,其次,疾病基因的找尋和檢驗應該與臨床治療全面結合,一旦找到對應致病基因的位點(diǎn)后,研究人員應與臨床醫生相互合作,將臨床治療結果隨時(shí)反饋給研究平臺。由雙方共同提出臨床方案,應該是未來(lái)基因測序應用的一種最佳模式。

    藥明康德公司孫樂(lè )***士指出,美國在CLIA(臨床實(shí)驗室改進(jìn)修正案標準)認證實(shí)驗室中,采用Ion Torrent系列平臺及 AmpliSeq定制Panel進(jìn)行腫瘤基因檢測服務(wù),比如波士頓兒童醫院有產(chǎn)前遺傳病篩查的項目,M.D. Anderson癌癥中心、美國梅奧診所等醫學(xué)中心開(kāi)展乳腺癌、直腸癌等癌癥相關(guān)的熱點(diǎn)基因檢測。

    數字PCR技術(shù)有待推廣

    數字PCR(Digital PCR-dPCR)技術(shù)是一種新的核酸(DNA/RNA)檢測和定量方法,與傳統定量PCR(qPCR)技術(shù)不同,其采用絕對定量的方式,不依賴(lài)于標準曲線(xiàn)和參照樣本,直接檢測目標序列的拷貝數。由于這種檢測方式具有比傳統qPCR更加出色的靈敏度和特異性、精確性,dPCR迅速得到廣泛的應用。

    據介紹,這項技術(shù)在極微量核酸樣本檢測、復雜背景下稀有突變檢測和表達量微小差異鑒定方面表現出的優(yōu)勢已被普遍認可,而其在基因表達研究、microRNA研究、基因組拷貝數鑒定、癌癥標志物稀有突變檢測、致病微生物鑒定、轉基因成分鑒定、NGS測序文庫精確定量和結果驗證等諸多方面具有的廣闊應用前景受到越來(lái)越多的關(guān)注,但是,在應用層面還有待推廣。

    “測序技術(shù)不斷推陳出新,我們期待著(zhù)能在臨床實(shí)踐中有更多的應用,”張焱說(shuō),“研究機構和臨床醫生的合作和信任是轉換醫學(xué)的關(guān)鍵,我們將樂(lè )于為此模式而努力。”


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