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SSR標記實(shí)驗步驟

2012-08-28 13:44 閱讀:3169 來(lái)源:愛(ài)愛(ài)醫 責任編輯:潘樂(lè )樂(lè )
[導讀] 一、簡(jiǎn)介: SSR簡(jiǎn)單序列重復標記(Simple sequence repeat, 簡(jiǎn)稱(chēng)SSR標記),也叫微衛星序列重復,是由一類(lèi)由幾個(gè)核苷酸(1-5個(gè))為重復單位組成的長(cháng)達幾十個(gè)核苷酸的重復序列,長(cháng)度較短,廣泛分布在染色體上。由于重復單位的次數的不同或重復程度的不完全相

    一、簡(jiǎn)介:

    SSR簡(jiǎn)單序列重復標記(Simple sequence repeat, 簡(jiǎn)稱(chēng)SSR標記),也叫微衛星序列重復,是由一類(lèi)由幾個(gè)核苷酸(1-5個(gè))為重復單位組成的長(cháng)達幾十個(gè)核苷酸的重復序列,長(cháng)度較短,廣泛分布在染色體上。由于重復單位的次數的不同或重復程度的不完全相同,造成了SSR長(cháng)度的高度變異性,由此而產(chǎn)生SSR標記或SSLP標記。雖然SSR在基因組上的位置不盡相同,但是其兩端序列多是保守的單拷貝序列,因此可以用微衛星區域特定順序設計成對引物,通過(guò)PCR技術(shù),經(jīng)聚丙烯酰胺凝膠電泳,即可顯示SSR位點(diǎn)在不同個(gè)體間的多態(tài)性。

    優(yōu)點(diǎn):
    (1)標記數量豐富,具有較多的等位變異,廣泛分布于各條染色體上;
    (2)是共顯性標記,呈孟德?tīng)栠z傳;
    (3)技術(shù)重復性好,易于操作,結果可靠。

    缺點(diǎn):
    開(kāi)發(fā)此類(lèi)標記需要預先得知標記兩端的序列信息,而且引物合成費用較高。

    二、操作程序:

    取葉片→磨樣→提取DNA→PCR擴增→電泳檢測→染色→讀帶標記。

    1、DNA提取

    按照Doyle和Dickson(1987)CTAB法(`Cetyl triethyl ammonium bromide)并略加改進(jìn)的程序進(jìn)行,具體步驟如下:
    ① 成熟期取葉片加液氮研磨成粉末狀,轉入1.5ml離心管中,-20℃冰箱保存;
    ② 加入600μl 65℃的2×CTAB混勻并置于65℃水浴中保溫30-60分鐘;
    ③ 取出,冷卻,上下?lián)u勻后,加入600微升24:1的氯仿異戊醇;
    ④ 12000轉/分鐘離心10分鐘,取上清液于另一個(gè)1.5ml的離心管中;
    ⑤ 加異丙醇,12000轉/分鐘離心10分鐘,倒掉上清液;
    ⑥ 干后用100%的灑精清洗,干后加適量TE。

    2、PCR擴增

    模板DNA的濃度大約25ng/μl,擴增反應體系為20μl。具體如下:
    Sterile ddH2O        11μl
    PCR Buffer              3μl
    dNTP-mix                 0.5μl
    Primer1                     1μl
    Primer2                     1μl
    Taq polymerase      0.5ul(2U/μl)
    DNA                            3μl 
    PCR擴增程序為:(2h30min)

    ① 預變性:94℃,5分鐘;
    ② 變  性:94℃,40秒;
    ③ 退  火:55℃  40秒;
    ④ 延  伸:72℃,1分鐘;
    ⑤ 循  環(huán):從2到4共38個(gè)循環(huán);
    ⑥ 72℃下最后延伸5分鐘;4℃ 5min,擴增產(chǎn)物置于4℃的冰箱保存。

    3、擴增產(chǎn)物的電泳分離

    制膠→灌膠→上樣→電泳。

    擴增產(chǎn)物用8%的聚丙烯酰胺變性膠電泳分離,步驟如下:
    ① 準備電極液(1×TBE);
    ② 將梳子撥出,并迅速用電極液沖洗膠面;
    ③ 不預電泳。
    ④ 點(diǎn)樣,電泳220V;
    ⑤ 拆板,并及時(shí)將內板、邊條及梳子洗凈。

    4、凝膠染色

    ① 固定:10%醋酸,5分鐘;
    ② 染色:10分鐘;
    ③ 漂洗:dH2O,5-10秒;
    ④ 顯色:甲醛-NaOH,直到滿(mǎn)意為止;
    ⑤ 漂洗:dH2O,2分鐘。

    5、自封帶封膠,讀帶標記,數碼照相攝像,室溫風(fēng)干。


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