您所在的位置:首頁(yè) > 實(shí)驗與方法 > SSR標記實(shí)驗步驟
一、簡(jiǎn)介:
SSR簡(jiǎn)單序列重復標記(Simple sequence repeat, 簡(jiǎn)稱(chēng)SSR標記),也叫微衛星序列重復,是由一類(lèi)由幾個(gè)核苷酸(1-5個(gè))為重復單位組成的長(cháng)達幾十個(gè)核苷酸的重復序列,長(cháng)度較短,廣泛分布在染色體上。由于重復單位的次數的不同或重復程度的不完全相同,造成了SSR長(cháng)度的高度變異性,由此而產(chǎn)生SSR標記或SSLP標記。雖然SSR在基因組上的位置不盡相同,但是其兩端序列多是保守的單拷貝序列,因此可以用微衛星區域特定順序設計成對引物,通過(guò)PCR技術(shù),經(jīng)聚丙烯酰胺凝膠電泳,即可顯示SSR位點(diǎn)在不同個(gè)體間的多態(tài)性。
優(yōu)點(diǎn):
(1)標記數量豐富,具有較多的等位變異,廣泛分布于各條染色體上;
(2)是共顯性標記,呈孟德?tīng)栠z傳;
(3)技術(shù)重復性好,易于操作,結果可靠。
缺點(diǎn):
開(kāi)發(fā)此類(lèi)標記需要預先得知標記兩端的序列信息,而且引物合成費用較高。
二、操作程序:
取葉片→磨樣→提取DNA→PCR擴增→電泳檢測→染色→讀帶標記。
1、DNA提取
按照Doyle和Dickson(1987)CTAB法(`Cetyl triethyl ammonium bromide)并略加改進(jìn)的程序進(jìn)行,具體步驟如下:
① 成熟期取葉片加液氮研磨成粉末狀,轉入1.5ml離心管中,-20℃冰箱保存;
② 加入600μl 65℃的2×CTAB混勻并置于65℃水浴中保溫30-60分鐘;
③ 取出,冷卻,上下?lián)u勻后,加入600微升24:1的氯仿異戊醇;
④ 12000轉/分鐘離心10分鐘,取上清液于另一個(gè)1.5ml的離心管中;
⑤ 加異丙醇,12000轉/分鐘離心10分鐘,倒掉上清液;
⑥ 干后用100%的灑精清洗,干后加適量TE。
2、PCR擴增
模板DNA的濃度大約25ng/μl,擴增反應體系為20μl。具體如下:
Sterile ddH2O 11μl
PCR Buffer 3μl
dNTP-mix 0.5μl
Primer1 1μl
Primer2 1μl
Taq polymerase 0.5ul(2U/μl)
DNA 3μl
PCR擴增程序為:(2h30min)
① 預變性:94℃,5分鐘;
② 變 性:94℃,40秒;
③ 退 火:55℃ 40秒;
④ 延 伸:72℃,1分鐘;
⑤ 循 環(huán):從2到4共38個(gè)循環(huán);
⑥ 72℃下最后延伸5分鐘;4℃ 5min,擴增產(chǎn)物置于4℃的冰箱保存。
3、擴增產(chǎn)物的電泳分離
制膠→灌膠→上樣→電泳。
擴增產(chǎn)物用8%的聚丙烯酰胺變性膠電泳分離,步驟如下:
① 準備電極液(1×TBE);
② 將梳子撥出,并迅速用電極液沖洗膠面;
③ 不預電泳。
④ 點(diǎn)樣,電泳220V;
⑤ 拆板,并及時(shí)將內板、邊條及梳子洗凈。
4、凝膠染色
① 固定:10%醋酸,5分鐘;
② 染色:10分鐘;
③ 漂洗:dH2O,5-10秒;
④ 顯色:甲醛-NaOH,直到滿(mǎn)意為止;
⑤ 漂洗:dH2O,2分鐘。
5、自封帶封膠,讀帶標記,數碼照相攝像,室溫風(fēng)干。
**格蘭陰性雙球菌:鏡檢可見(jiàn)在一個(gè)平面上分裂成雙排列 **霉菌(白色念珠菌...[詳細]
免疫沉淀是研究蛋白質(zhì)常用的技術(shù),是利用抗體特異性反應純化富集目的蛋白的一種方法。[詳細]
意見(jiàn)反饋 關(guān)于我們 隱私保護 版權聲明 友情鏈接 聯(lián)系我們
Copyright 2002-2025 Iiyi.Com All Rights Reserved