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Nature:我國研究人員繪制出了全基因組序列草圖

2013-10-22 21:32 閱讀:1542 來(lái)源:生物通 作者:李* 責任編輯:李哲
[導讀] 來(lái)自合肥工業(yè)大學(xué)、四川大學(xué)、四川省自然資源科學(xué)研究院、北京百邁客生物科技有限公司等10多家機構的研究人員組成的一個(gè)研究小組成功繪制出了獼猴桃(Actinidia chinensis)的全基因組序列草圖.

    來(lái)自合肥工業(yè)大學(xué)、四川大學(xué)、四川省自然資源科學(xué)研究院、北京百邁客生物科技有限公司等10多家機構的研究人員組成的一個(gè)研究小組成功繪制出了獼猴桃(Actinidia chinensis)的全基因組序列草圖。相關(guān)成果發(fā)表在10月18日的《自然通訊》(Nature Communications)雜志上。

    合肥工業(yè)大學(xué)生物與食品工程學(xué)院的劉永勝(Yongsheng Liu)教授,美國康奈爾大學(xué)費章君(Zhangjun Fei)博士以及北京百邁客生物科技有限公司的鄭洪坤(Hongkun Zheng)是這篇論文的共同通訊作者。

    獼猴桃科是杜鵑花目的基礎一科,有獼猴桃屬、水東哥屬和藤山柳屬等。獼猴桃屬包括有幾種具重要經(jīng)濟價(jià)值的園藝品種,例如中華獼猴桃、美味獼猴桃、軟棗獼猴桃和毛花獼猴桃等。在獼猴桃屬中大約有54個(gè)物種和75個(gè)分類(lèi)群,所有這些都是多年生、落葉、雌雄異株植物,具有攀緣或蔓生生長(cháng)習性。

    由于其維生素C含量極高,且具有均衡的礦物質(zhì)、膳食纖維和其他有益健康的代謝產(chǎn)物營(yíng)養成分,長(cháng)期以來(lái)獼猴桃被稱(chēng)作“水果之王”.廣泛的研究報道在獼猴桃中有維生素C、類(lèi)胡蘿卜素和黃酮類(lèi)化合物的代謝累積。獼猴桃的起源中心是在中國西南部的山區,其馴化史較短,它的種子到20世紀早期才開(kāi)始被引入到新西蘭。通過(guò)幾十年的馴化,以及付諸極大的努力對野生獼猴桃進(jìn)行選擇已開(kāi)發(fā)出了許多的品種。獼猴桃現已成為了世界上重要的一種新鮮水果,2011年年產(chǎn)量達到144萬(wàn)噸。

    盡管已存在有一個(gè)廣泛表達序列標簽(EST)數據庫和幾個(gè)遺傳圖譜,獼猴桃全基因組序列資源仍然非常有限,而這對于育種及品種改良至關(guān)重要。獼猴桃屬于杜鵑花目。當前,只有番茄和馬鈴薯等茄科物種基因組進(jìn)行過(guò)測序,還沒(méi)有杜鵑花目的物種進(jìn)行基因組測序的報道。

    在這篇文章中,研究人員對在中國廣泛種植的一種雜合獼猴桃:紅陽(yáng)獼猴桃(Hongyang)進(jìn)行了基因組測序及分析,組裝出了全長(cháng)為616.1?Mb,包含39,040個(gè)基因的基因組。比較基因組分析結果揭示,獼猴桃經(jīng)歷了一次為核心真雙子葉植物所共享的遠古六倍化(hexaploidization)事件,以及兩次較近的全基因組復制事件。兩次近期的復制事件均發(fā)生在獼猴桃與番茄及馬鈴薯分歧后,促成了調控如維生素C、類(lèi)黃酮和類(lèi)胡蘿卜素代謝等獼猴桃重要特性的基因產(chǎn)生新的功能。

    作為第一個(gè)杜鵑花目的測序物種,這一獼猴桃基因組序列不僅提供了有關(guān)獼猴桃特異性、重要農藝性狀的分子基礎的一些新認識,有助于推動(dòng)作物改良,并為更深入地進(jìn)行進(jìn)化和比較基因組學(xué)分析提供了一個(gè)寶貴的資源。


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