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    在邁向個(gè)體化醫療的進(jìn)程中，癌癥基因分型正變得越來(lái)越復雜。利用分析芯片來(lái)捕捉成百上千潛在重要基因發(fā)生的變異，可以幫助醫生確定一種特定腫瘤的運作機制以及最佳的療程。全外顯子組測序（Whole-exome sequencing，分析基因組的所有編碼區域）一直是臨床腫瘤學(xué)領(lǐng)域的一個(gè)“白日夢(mèng)”，發(fā)表在5月19日《自然醫學(xué)》（Nature Medicine）雜志上的一項研究為分析癌癥患者腫瘤全外顯子組提供了一個(gè)平臺。

    這一新的全外顯子組平臺從保存腫瘤樣本中提取出DNA，對基因組中的所有編碼區域進(jìn)行測序，隨后通過(guò)一種算法運行數據，解讀揭示出的遺傳變異的意義，由此挑選出可用治療方案可靶向的那些遺傳突變。重要的是，這一實(shí)驗方案所采用的腫瘤樣本是通過(guò)福爾馬林固定，石蠟進(jìn)行包埋——這是一種常規的腫瘤組織保存方法，但往往會(huì )給測序造成麻煩。

    馬克斯普朗克分子遺傳學(xué)研究所癌癥生物學(xué)課題組負責人Michal-Ruth Schweiger（未參與該研究）說(shuō)：“能夠對這類(lèi)保存材料運用測序技術(shù)，將使得我們能夠利用大量的樣本。”Schweiger曾成功測序福爾馬林固定、石蠟包埋的樣本，但比當前研究作者們所取得的規模要小很多。

    該研究的主要作者、哈佛醫學(xué)院和Dana-Farber癌癥研究所醫學(xué)講師Eliezer Van Allen說(shuō)，不只是重新設計一些芯片靶向有限數量基因，隨著(zhù)越來(lái)越多的遺傳信息涌現，捕獲全外顯子組具有重要的意義。

    Van Allen和同事們設計出了一種叫做PHIAL的算法，可以基于生物學(xué)活性和臨床相關(guān)性挑選出患者腫瘤中的一些遺傳變異。他們利用PHIAL在511名患者樣本的總共250,000個(gè)變異中挑選出了1,842個(gè)變異，當前有一些現有的藥物可以作用于包含這些變異的基因。

    為了證實(shí)PHIAL適用于進(jìn)行臨床決策，該研究小組挑選出了一名罹患轉移性肺癌的患者。“結果表明這名患者攜帶一種非常罕見(jiàn)的KRAS突變，而在通常情況下我們無(wú)法檢測到它，”Van Allen說(shuō)。CDK4抑制劑被認為能夠阻止表達KRAS的肺細胞生長(cháng)，非常湊巧的是該名患者被招募到了一項針對CDK4抑制劑的臨床實(shí)驗中，并對這種治療產(chǎn)生了反應；這是針對他唯一取得成功的一種治療方法。“它提供了一個(gè)令人信服的例子表明了我們想在更廣泛的范圍內這樣做的原因，”Van Allen說(shuō)。

    該研究小組構建出了一個(gè)臨床可靶向基因數據庫，至今已納入了130個(gè)基因，可在線(xiàn)**這一數據庫。Van Allen和研究小組還打算讓人們能夠免費獲得PHIAL程序。Roychowdhury說(shuō)，這一平臺為致力擴展癌癥基因組用途的其他研究組提供了一個(gè)極好的模型。