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    除了宏基因組學(xué)技術(shù)之外，還有另外一種技術(shù)就是單細胞基因組測序技術(shù)，這也是一種不需要進(jìn)行實(shí)驗室培養的測序技術(shù)，只需要從環(huán)境樣本中提取細胞并進(jìn)行基因組測序就可以完成工作。最近，Rinke等人從多種不同的自然環(huán)境樣本中都成功地分離得到了單細胞標本，并且成功地進(jìn)行了DNA擴增和測序，獲得了201個(gè)基因組（非完整基因組）。據估計，這些序列的平均完整程度達到了40%.據我們了解，到目前為止還沒(méi)有哪一個(gè)單細胞基因組測序工作能夠獲得完整的基因組序列。這種單細胞基因組測序工作獲得的序列基本上都是不完整的。Rinke等人開(kāi)展的工作已經(jīng)可以算是非常漂亮的工作了，他們獲得的最完整的基因組序列（認為該序列的完整程度幾乎接近100%）也是由10個(gè)片段拼接而成的，另外一個(gè)完整度達到99%的基因組序列更是由137個(gè)片段組成的。

    用宏基因組學(xué)技術(shù)獲得的基因組片段很多都是不完整的（這主要是因為樣品不夠），不過(guò)我們可以借助額外的測序工作加以彌補。可是對于單細胞基因組測序，再輔以其它測序似乎意義不太大。宏基因組學(xué)技術(shù)也不需要像單細胞測序技術(shù)那樣費時(shí)費力，也不需要進(jìn)行細胞分選，而且還能提供更多的信息。因為宏基因組學(xué)技術(shù)獲得的是整體的信息。現在在基因組測序工作中使用的算法大部分都是株系特異性的，很有可能會(huì )測出多態(tài)性堿基。另外，如果被測細胞里存在基因插入或者缺失的情況，那么有一部分測序結果可能就只能與參考序列部分吻合了。如果科研人員對整體代謝能力、整體結構、整體多樣性或者進(jìn)化動(dòng)力學(xué)等問(wèn)題感興趣，這些信息就對他們會(huì )非常有幫助。另外一方面，單細胞基因組測序技術(shù)也能夠提供宏基因組學(xué)技術(shù)無(wú)法獲得的信息，比如基因變異連鎖信息等。

    由于單細胞基因組測序技術(shù)和宏基因組學(xué)測序技術(shù)都獲得了廣泛的關(guān)注與認可，所以我們希望廣大的科研人員能夠使用定義非常明確的術(shù)語(yǔ)來(lái)描述基因組的完整性，以便于大家對這兩種技術(shù)的優(yōu)缺點(diǎn)進(jìn)行更客觀(guān)、更準確的評價(jià)。比如只有在經(jīng)過(guò)仔細的檢驗之后，確認獲得了一個(gè)完整的、連續的、沒(méi)有錯誤或缺口的序列時(shí)，我們才可以稱(chēng)這條序列是一個(gè)完整的基因組序列。如果因為存在重復序列，或者其它原因導致基因組組裝出現困難，得到了多條、而不是一條“基因組”序列，那么此時(shí)只能說(shuō)得到了部分完整的基因組序列。根據Chain等人的工作，我們可以認為這種有多條序列的基因組序列是一個(gè)基因組草圖。此時(shí)我們可以根據單拷貝基因名錄來(lái)衡量該序列的完整性。由于單拷貝基因通常在整個(gè)基因組基因中所占的比例還不到10%,而且在基因組中的分布并不均勻，所以根據單拷貝基因也只能大概估計序列的完整程度。

    因此還需要更強大的基因組草圖完整性評估手段。使用在整個(gè)基因組中并非成簇存在的標志物基因也許是一個(gè)不錯的辦法。改進(jìn)取樣技術(shù)，獲得更多不能培養的微生物的基因組樣本，從中發(fā)現更多、更普遍存在的基因也會(huì )有所幫助。這些信息能夠幫助科學(xué)家們從已知序列中發(fā)現更多的單拷貝基因。

    隨著(zhù)測序技術(shù)不斷發(fā)展，測序的速度、精度、信息豐富程度都有了大幅度的提升，高通量的宏基因組學(xué)技術(shù)也逐漸具備了給要求更快、更準確、特異性更高的整個(gè)測序診斷領(lǐng)域帶來(lái)***性改變的能力。比如如果發(fā)展到了個(gè)體微生物組時(shí)代，我們就可以快速地對病原體群耐藥基因進(jìn)行測序和篩選，然后根據這些結果給出最合適的抗生素。根據宏基因組學(xué)數據還可以選擇性地**目標微生物群，治療肥胖癥或慢性腹瀉等疾病。更重要的是，如果掌握了生命之樹(shù)中很多之前還沒(méi)有被發(fā)現的基因組信息，將極大地豐富我們對生命和進(jìn)化歷程的認識和了解。