日前,來(lái)自圣路易斯華盛頓大學(xué)醫學(xué)院的研究人員研究開(kāi)發(fā)出了一個(gè)大型的在線(xiàn)數據庫,它能將上千個(gè)癌癥或疾病相關(guān)基因與靶向這些基因的藥物進(jìn)行匹配。這些藥物中的一些已經(jīng)被美國食品與藥品管理局批準使用,另一些正處于臨床試驗階段或只在新藥研發(fā)階段。
藥物基因關(guān)聯(lián)數據庫的細節被發(fā)表在10月13日的《自然-方法》(Nature Methods)上。該數據庫主要包括了癌基因,但也有一些其他疾病(例如阿爾茨海默病、心臟病、糖尿病等)的相關(guān)基因。 Griffith 兄弟與圣路易斯華盛頓大學(xué)基因組研究所的一組科學(xué)家們共同開(kāi)發(fā)了這一數據庫。
該數據庫由一對孿生兄弟Obi Griffith 博士和Malachi Griffith 博士開(kāi)發(fā),他們的興趣是將藥物與基因匹配起來(lái)。他們的母親在 17 年前死于乳腺癌,那時(shí)他們還差幾個(gè)星期就要高中畢業(yè)。
Malachi Griffith 說(shuō):“我們想要創(chuàng )造一個(gè)綜合的、便于研究人員使用的數據庫,如像谷歌搜索引擎一樣來(lái)搜索疾病基因。隨著(zhù)我們逐步邁向個(gè)性化醫療,更多的了解哪種藥物能夠靶向患者個(gè)體或特定疾病(例如乳腺癌或肺癌)的突變基因變的越來(lái)越重要。但是到目前為止還沒(méi)有一種簡(jiǎn)單的方法可以幫助研究者們找到這些信息。”
如果研究人員希望了解已有的基因組測序或其它方法確定的疾病基因的錯誤突變是否能夠用現有的藥物治療,那么將很容易在該數據庫中進(jìn)行搜索。另外,該數據庫中還包括一些基因,它們可能成為未來(lái)藥物發(fā)展的重點(diǎn)靶向對象。
文章的資深作者、基因組研究所的主任Richard K. Wilson博士說(shuō):“該資源有著(zhù)驚人的深度,它對于研究人員制定更好的患者治療方案將是十分珍貴的。”
Wilson 和他的同事們警告說(shuō),數據庫是用于研究目的,而不能指導治療。數據庫的主要目的是方便未來(lái)的臨床研究,為更有效地治療疾病提供幫助。
Malachi Griffith 說(shuō):“該數據庫使我們離目標更近了。這真是一個(gè)豐富的資源。能將它提供給科學(xué)界,我們十分興奮。”
他們花費了幾年時(shí)間用于該數據庫的開(kāi)發(fā),它是公開(kāi)的和免費的,包括了超過(guò) 14000 種藥物-基因的相互作用,涉及了 2600 個(gè)基因和 6300 種靶向這些基因的藥物。數據庫還包括了6700個(gè)其它的基因,這些基因有可能成為未來(lái)藥物的靶標。
在這之前,研究人員想要知道一個(gè)疾病基因是否能用某種藥物治療需要搜素零散的科研文獻、臨床試驗數據或其它信息,這其中有些是不公開(kāi)的或者不容易被搜素到。另外,許多現有的數據庫在確定基因和藥物方面有不同的方法,語(yǔ)言的障礙也會(huì )讓一個(gè)明確的搜素任務(wù)變得很費力。
Griffith 兄弟是生物信息學(xué)方面的專(zhuān)家。他們以前常常被追問(wèn),現有的藥物能否靶向癌癥基因組測序找到的基因,因此他們希望開(kāi)發(fā)一個(gè)藥物-基因互作的數據庫。
Obi Griffith 說(shuō):“我們不應該依靠一個(gè)計算機向導來(lái)解決這一問(wèn)題。但是實(shí)際上,我們經(jīng)常不得不通過(guò)編寫(xiě)特殊的軟件來(lái)找到答案。現在,研究人員能夠快速和容易的尋找它們。”
這一新數據庫整合了美國、加拿大、歐洲和亞洲的 15 個(gè)公用數據庫的信息。使用者們輸入一個(gè)基因的名字或許多基因的列表就能檢索得到靶向它們的藥物。檢索結果提供了針對每一個(gè)基因的藥物的名字和藥物的細節,例如藥物是一個(gè)抑制劑、抗體、疫苗還是其他類(lèi)型。如果選擇的話(huà),搜索結果還能給出更多更深入的信息來(lái)源。
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