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Nature子刊:測序循環(huán)腫瘤細胞的外顯子組

2014-05-06 19:27 閱讀:1574 來(lái)源:生物通 責任編輯:潘樂(lè )樂(lè )
[導讀] 科學(xué)家們首次對循環(huán)腫瘤細胞(CTC)進(jìn)行了單細胞外顯子組測序,這樣的技術(shù)可以為人們展示腫瘤演化、轉移和應答藥物的具體過(guò)程。

    科學(xué)家們首次對循環(huán)腫瘤細胞(CTC)進(jìn)行了單細胞外顯子組測序,這樣的技術(shù)可以為人們展示腫瘤演化、轉移和應答藥物的具體過(guò)程。

    前列腺腫瘤很容易轉移到骨組織,而這樣的轉移很難用傳統方法進(jìn)行檢測。這個(gè)問(wèn)題大大影響了醫生們對癌癥的監控和治療。現在一項新研究指出,只需要簡(jiǎn)單抽血就可以解決這個(gè)問(wèn)題,監控腫瘤的演化和轉移。

    Broad研究所的科學(xué)家們在Nature Biotechnology雜志上發(fā)表文章,描述了一個(gè)模塊化的新技術(shù)平臺。該平臺可以收集前列腺癌患者血液中的循環(huán)腫瘤細胞(CTC),并對其進(jìn)行外顯子組測序和分析。這一技術(shù)可以揭示高度可信的單核苷酸突變,幫助人們追蹤腫瘤的演化、引導對腫瘤的治療、監控腫瘤的復發(fā),

    上述一平臺由幾個(gè)部分組成,首先研究人員使用Illumina的MagSweeper技術(shù),從患者血液中富集EpCAM陽(yáng)性的細胞,EpCAM是促進(jìn)腫瘤形成的蛋白。然后,研究人員通過(guò)自己開(kāi)發(fā)的方法,將這些細胞一一分配到小孔中,并通過(guò)成像技術(shù)檢測特定標記的表達。最后他們收集符合要求的細胞,進(jìn)行細胞裂解,全基因組擴增和文庫制備。

    研究人員先對文庫進(jìn)行低覆蓋度測序,以評估基因組的質(zhì)量。然后他們再對符合要求的進(jìn)行高覆蓋度的外顯子組測序。由于之前還沒(méi)有完成過(guò)單個(gè)CTC的外顯子組測序,研究團隊采用了“census”方案來(lái)檢出序列突變。如果在同一個(gè)體的三個(gè)CTC文庫中都出現了特定突變,這一突變就被認為是真實(shí)可信的。

    “將許多細胞結合起來(lái),就可以獲得精確的目標序列(超過(guò)99.995%),”Boehm說(shuō)。

    研究團隊通過(guò)上述方案,研究了患者CTC與原發(fā)瘤和轉移瘤之間的關(guān)聯(lián)。研究顯示,在CTC中鑒定到的73個(gè)變異中,有51個(gè)也出現在原發(fā)瘤或轉移瘤。

    這樣的數據可以為人們展示腫瘤的演化、CTC的來(lái)源、以及藥物治療的效果,Love說(shuō)。通過(guò)驗血監控CTC基因組,可以揭示抗性指標的出現,以及腫瘤復發(fā)的風(fēng)險。人們也可能在監控時(shí)發(fā)現可以用藥物控制的突變,為醫生們提供新的治療途徑。

    據Boehm介紹,這種平臺的模塊化設計意味著(zhù),理論上只需要簡(jiǎn)單改變某個(gè)模塊就可以將其應用于任何類(lèi)型的腫瘤。舉例來(lái)說(shuō),可以根據不同的指標修改富集策略。“模塊化和靈活性使這一平臺有著(zhù)廣闊的應用前景。”

    麻省總醫院的Daniel Haber強調,通過(guò)血樣對治療效果、腫瘤復發(fā)和抗性進(jìn)行監控,能夠為多種癌癥的提供幫助。此外“將這項研究中的技術(shù)應用到EpCAM陰性CTC,將是很有意思的嘗試”他說(shuō)。


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